In der Oberstufe findet Unterricht nicht mehr im Klassenverband statt. Die Schüler wählen verschiedene Grund- und Leistungsfächer. Leistungsfächer sind die Fächer, die man belegt, um persönliche Arbeitsschwerpunkte zu bilden. Sie sollen ein vertieftes Verständnis und spezielle Kenntnisse vermitteln und in besonderem Maße auf die Arbeitsweise der Hochschule vorbereiten. Sie werden in Kursen mit 4 bis 7 Wochenstunden unterrichtet. Grundfächer sind Fächer, die grundlegende Kenntnisse und Einsichten in fachspezifische Denkweisen vermitteln. Sie werden in Kursen mit 2 bis 4 Wochenstunden unterrichtet.
In den letzten Jahren gab es regelmäßig Leistungskurse in den Fächern Deutsch, Englisch, Französisch, Bildende Kunst, Erdkunde, Sozialkunde, Geschichte, Mathematik, Biologie, Chemie, Physik und Sport. Als Grundkurse sind außerdem Latein, Spanisch, Musik, Darstellendes Spiel, Erdkunde/Sozialkunde, Informatik, katholische Religionslehre, evangelische Religionslehre und Ethik wählbar.
Jeder Schüler muss in der Einführungsphase der Oberstufe entweder als Grundkurs (GK) oder als Leistungskurs (LK) folgende Fächer wählen:
Insgesamt sind also 12 Fächer zu wählen. Dazu kann ein weiteres Fach aus dem Angebot der Schule als freiwilliges Fach dazu gewählt werden.
In der Qualifikationsphase sind nur noch 10 Fächer zu belegen. Am Ender der Einführungsphase können deshalb zwei Fächer abgewählt werden. Zu belegen sind in der Qualifikationsphase:
Es gibt zahlreiche mögliche Kombinationen, Leistungskurse zu wählen. Eine vollständige Übersicht findet sich in der Informationsbroschüre zur MSS auf den Seiten 14 und 15, die hier heruntergeladen werden können.